يهدف "المؤتمر القومي العربي" إلى المساهمة في شحذ الوعي العربي بغايات الأمة العربية العليا ، كما يجسدها المشروع الحضاري العربي بعناصره الست - الوحدة، الديمقراطية، التنمية المستقلة، العدالة الاجتماعية، الاستقلال الوطني والقومي، التجدد الحضاري 0 عن طريق اتخاذ وإعلان مواقف فكرية رصينة وملتزمة سياسياً تجاه أوضاع الأمة وغاياتها العليا، مما يساعد على تعبئة الطاقات الشعبية من أجل تحقيق هذه الغايات، وتشكيل قوة ضغط معنوية على الأنظمة العربية، وتوثيق روابط التعاون والتنسيق مع الهيئات المماثلة في أهدافها ومبادئها0

إن الغايات الست التي يجسدها المشروع الحضاري العربي هي غايات متقاطعة ، يتطلب أي مشروع للنهضة العربية تضافرها في بناء متين، حيث يقوم بينها نمط تضافر قوى، فلا تتحقق إحداها بمعزل عن الأخرى0 كما أن الانجاز على درب واحدة منها يزيد من إمكانية الانجاز على سبيل الأخريات0

ومن الملاحظ أن أهداف المؤتمر وأفكاره لم تكن واضحة للجميع منذ تأسيسه، بل صدرت تفسيرات وشروح عدة، ولكن الأمر تبلور من خلال الممارسة :وتم الاتفاق على ما يلي

ـ إن المؤتمر ليس حزباً قومياً، ولا يهدف إلى أن يكون حزباً يسعى إلى السلطة، بل أنه صيغة جديدة من العمل العربي، تهدف إلى أن يكون المؤتمر "مرجعية قومية شعبية" للأمة العربية في القضايا المصيرية التي تواجهها وتهمها، وأن يشكل قوة ضغط فاعلة سياسية وفكرية في الساحة العربية0

وأن المؤتمر هو تجمع من المثقفين الممارسين العرب المتقنعين بأهداف الأمة العربية والساعين إلى تحقيقها عبر العمل العربي الشعبي والمستقل كلية عن أنظمة الحكم0 ويضم المؤتمر في عضويته مواطنين من كافة الأقطار العربية والمهجر، ومن أجيال عدة، ويحرص المؤتمر على أن يضم في عضويته إضافة للمفكرين، شخصيات على رأس تنظيمات جماهيرية واتحادات ونقابات وروابط شعبية، ومراكز أبحاث وإعلام، ودور نشر وإنتاج فني0 كما يؤمن المؤتمر بدور المرأة الفعال في المجتمع، ويحرص على تهيئة الفرص لها لتحتل موقعها المناسب في عضوية المؤتمر وقياداته0

ـ إن تعبير "القومي" في تسمية المؤتمر يشمل الأمة العربية وليس تياراً واحداً فيها، وأن المؤتمر حريص على أن يضم في صفوفه كافة المواطنين المؤمنين بنهضة الأمة ، ويتسع للتيارات والقوى السياسية والاجتماعية الموجودة على الساحة العربية، القومية منها والإسلامية واليسارية والليبرالية0

ـ إن المؤتمر يتبنى فكراً مؤسسياً تم إنضاجه من خلال البحث العلمي والدراسات الموثقة التي أشرف عليها "مركز دراسات الوحدة العربية"، وتبلورت فيما أطلق عليه المشروع الحضاري العربي بعناصره الستة0 ويسعى المؤتمر من خلال تحقيق التفاعل بين الوحدويين العرب، في إطار من التنوع والتكامل، إلى تعبئة الطاقات الشعبية من أجل تحقيق هذه الأهداف واتخاذ المواقف المعبرة عنها، وتوثيق روابط التعاون والتنسيق مع الهيئات المماثلة في أهدافها0